最适合作战的武器并非一成不变，它高度依赖于你的战斗风格、所操控的忍者角色以及具体的战斗场景，十拳剑、鲛肌、草薙剑等顶级武器在各自的领域内表现最为突出。
这些顶级武器都拥有超越普通忍具的特殊效果，比如十拳剑具备游戏中最强的单体封印能力，一旦命中就能让对手丧失战斗力。草薙剑则以极高的暴击率和穿透性能著称，能有效打击高防御目标。鲛肌不仅可以通过攻击吸收对手的查克拉，还能与使用者合体，大幅提升攻击和防御属性，非常适合查克拉消耗大的角色。斩首大刀拥有自我修复和吸血能力，是持久战的优选，而宇智波团扇则擅长反弹远程或法术攻击，在对抗特定敌人时效果显著。
选择武器时必须考虑与忍者角色的契合度，物理输出型的忍者应优先选择能提升暴击和破防属性的武器，例如草薙剑。而依赖忍术的法术型角色，则应侧重选择能提供查克拉增幅和冷却缩减的武器或忍具。部分武器还存在特殊的联动机制，例如鲛肌与干柿鬼鲛角色组合时，可以激活专属的特殊奥义，从而发挥出超越武器本身的最大威力。
获取这些强力武器通常需要完成特定的游戏剧情、隐藏任务或是参与限时活动，并且它们往往带有使用条件限制，例如宇智波团扇可能仅限拥有写轮眼的角色装备，金箍棒则需要与猿魔通灵兽绑定。在追求顶级武器的同时，也要规划好角色培养路线，确保能满足装备条件。
武器部位提供的战斗力加成是最大的，其次是配饰部位，其他防具部位则相对平均。在资源有限的情况下，优先强化和洗练你的核心武器是快速提升战力的最有效途径。一套高级的忍具套装，如究痛楚套装，能带来显著的属性加成，但通常需要通过合成等额外努力来获取。
武器的运用也需要技巧，例如佩恩的专属武器可以增强其万象天引技能的牵引效果和地爆天星的范围，通过技能与武器的联动能打出更好的控制与伤害连招。熟悉每把武器的特性并将其融入你的战斗节奏，比单纯追求高数值更为重要。
