选择合适的精灵对于游戏进程至关重要。初始精灵中，大力鳄凭借突出的物攻能力和广泛的技能打击面成为通关首选，尤其在黄金市获得剑舞技能后，搭配三个物攻技能能轻松应对一周目挑战。火球鼠在前期道馆战中属性优势明显，克制虫系、钢系和冰系道馆，但二周目表现相对乏力。大菊花和火爆鼠也是可行的选择，前者擅长消耗战兼顾特攻，后者偏向特攻或双刀战术，还能配合天气体系发挥额外效果。
前期过渡精灵中，拉达、大针蜂和大嘴雀是30级前的优秀选择。拉达拥有丰富的技能池和根性特性，配合火珠能爆发高伤害；大针蜂的适应力特性强化本系招式，输出能力突出；大嘴雀自带电光石火先制技能，配合毅力特性与火焰珠触发增伤效果显著。派拉斯特在22级学会孢子和吸血技能后，能稳定应对多种战斗场景。巴大蝴凭借复眼特性提升催眠粉命中率，前期速度优势明显，适合控场与强化推队，但中后期输出不足的问题需要其他精灵补足。
中后期队伍构建需注重联防与续航能力。暴鲤龙作为水飞双属性精灵，龙舞强化后兼具速度与爆发，是反制格斗系与地面系的关键。巨钳螳螂凭借高物攻与钢系抗性，能有效应对冰系与超能力系对手。尼多王在进化后拥有地面与毒双本系，搭配强行特性提升技能附加效果，中后期输出稳定。快龙作为准神精灵，多重鳞片特性大幅提升生存能力，龙舞强化后配合神速等先制技能可快速清场。
特殊战术精灵中，超梦作为70级传说宝可梦，尽管技能配置偏保守，但高种族值与超能力本系仍能碾压多数对手。三圣鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）与红色暴鲤龙也是值得培养的稀有精灵，前者提供电、火、冰三种属性补盲，后者凭借高物攻与威吓特性成为物理核心。二周目后可获得的初代与宝石世代御三家，如妙蛙种子与木守宫，能补充队伍属性短板，适应不同战斗需求。
穿山王或拉达可学习居合斩、碎岩等秘传技能，避免占用主力精灵技能栏。叉尾浮鼬进化后速度与物攻出色，适合携带冲浪等水系技能。波波进化后的比雕能学习飞天，兼顾移动与战斗功能。合理分配工具精灵能显著提升探索效率，为主力精灵保留更多战术空间。
口袋妖怪心金的精灵强度取决于属性搭配、特性利用与技能组合。初始精灵奠定通关基础，过渡精灵保障前期节奏，而中后期需围绕联防与爆发构建队伍。传说精灵与特殊战术单位能应对极端战况，工具精灵则优化探索体验。根据战斗需求灵活调整阵容，是成为顶尖训练师的核心策略。
